Q1:
La primera eliminatoria estuvo protagonizada por el fuerte accidente de Marcus Ericsson a los 8 minutos del inicio de la sesión lo que provocó la bandera roja. El piloto sueco no tuvo consecuencias físicas, aunque su monoplaza quedó totalmente destrozado por el impacto. Otro factor relevante fue la llegada de la lluvia la cual hizo acto de presencia en los últimos compases y se esperaba que fuera a más en la Q2.
Al concluir esta ronda, no hubo sorpresas en la parte superior de la tabla de tiempos, con los Mercedes primeros, seguidos de Ferrari y Red Bull. Aunque la mayor sorpresa fue la eliminación de Nico Hülkenberg que se quedaba a las puertas de pasar, pero se quedó en decimosexta plaza. El resto de pilotos que no superaron la Q1 fueron: Sergey Sirotkin decimoséptimo, Fernando Alonso decimoctavo, Stoffel Vandoorne decimonoveno y Marcus Ericsson último debido al accidente.
Q2:
En los primeros instantes de esta fase, Daniel Ricciardo comunicaba al equipo que tenía falta de potencia en su RB14. Al final de la Q2, la lluvia volvía a aparecer y esta vez con más intensidad sobre la pista japonesa. En esta ronda, las posiciones de eliminación fueron: Charles Leclerc undécimo, Kevin Magnussen duodécimo, Carlos Sainz decimotercero, Lance Stroll decimocuarto y Daniel Ricciardo decimoquinto ya que no pudo marcar ningún tiempo por su problema de motor. La sorpresa fue que ambos Toro Rosso pasaron para disputar la última ronda, siendo de gran ayuda el buen rendimiento de la nueva espeficación del motor Honda.
Q3:
En esta última sesión, los Ferrari salían con los intermedios mientras que el resto lo hacían con los Superblandos. Con esta diferencia en la elección de neumáticos, tanto Sebastian Vettel como Kimi Räikkönen regresaban a boxes sin marcar ningún registro para cambiar a las gomas rojas. Con todos los pilotos estableciendo tiempos, los Ferrari fueron los únicos en no poder porque habían tenido errores en sus vueltas. Debido a haber completado ningún tiempo competitivo, Sebastian Vettel se quedaba noveno porque la lluvia cayó y no perdonó ni Ferrari ni al alemán.
Con este final pasado por agua, Lewis Hamilton se alzaba con la pole, acompañado en la primera línea por Valtteri Bottas. A más de un segundo, Max Verstappen terminó tercero, con Kimi Räikkönen cuarto, Romain Grosjean quinto, ambos Toro Rosso teniendo una gran actuación con Brendon Hartley sexto y Pierre Gasly séptimo, Esteban Ocon octavo, Sebastian Vettel noveno y, por último, Sergio Pérez en décima posición.
Tabla de resultados clasificación del Gran Premio Japón 2018:
* Esteban Ocon ha recibido una penalización de 3 posiciones en la parrilla de salida por no haber disminuido la velocidad durante la bandera roja en los Libres 3. El francés comenzará undécimo.